I typisk Škoda-stil er det mange praktiske løsninger i bagasjerommet til Enyaq Coupé. Gjenstander i bagasjerommet kan sikres med bagasjeromsfester. Skyv esker og handleposer inn mellom festene, slik at de ikke sklir rundt. Bagasjeromsfestene kan legges sammen og oppbevares på siden av bagasjerommet eller under bagasjeromsgulvet.